引用

 

 

 

BioLuminate®

  • 朱,K.; Day, T.; Warshaviak, D.; Murrett, C.; Friesner R.; Pearlman, D., “使用同源性模型的组合来确定抗体结构, 能源优化, 和循环预测," 蛋白质, 2014, 82(8), 1646-1655
  • 萨拉姆,N.K.; Adzhigirey, M.; 谢尔曼,W.; Pearlman, D.A.“基于结构的方法预测蛋白质中的二硫键,” 蛋白质, 2014, 27(10), 365-74
  • 胡子,H.; Cholleti, A.; Pearlman, D.; 谢尔曼,W.; 爱,K.A., 应用基于物理的评分计算蛋白质-蛋白质复合物中单个氨基酸突变的结合自由能," 《十大外围app》, 2013, 8(12), e82849

薛定谔释放2022 - 1: BioLuminate, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.

 


 

 

Canvas

薛定谔释放2022 - 1: Canvas, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

CombiGlide

薛定谔释放2022 - 1: CombiGlide, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

ConfGen

薛定谔释放2022 - 1: ConfGen, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

核心跳跃

薛定谔释放2022 - 1: 核心跳跃, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

CovDock

 

 


 

 

Desmond

薛定谔释放2022 - 1:Desmond分子动力学系统,D. E. 肖研究中心,纽约,纽约,2021年. Maestro-Desmond互操作性工具,薛定谔,纽约,纽约,2021.

 


 

 

e-Pharmacophores

 


 

 

Epik

薛定谔释放2022 - 1: Epik, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

请注意,Epik提供的pKa和互变异构数据库是受版权保护的材料, 并且不应该被提取, 复制, 或在Epik或LigPrep许可计算的上下文之外使用.

 


 

 

力场

 


 

 

聚全氟乙丙烯+

薛定谔释放2022 - 1: 聚全氟乙丙烯+, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.

 


 

 

Glide

  • Friesner R. A.; 墨菲,R. B.; Repasky, M. P.; Frye, L. L.; 格林伍德,J. R.; Halgren,T. A.; Sanschagrin, P. C.; Mainz, D. T., “超精密Glide:结合蛋白配体疏水封闭模型的对接与得分”," J. 地中海. 化学., 2006, 49, 6177–6196
  • Halgren T. A.; 墨菲,R. B.; Friesner R. A.; 胡子,H. S.; Frye, L. L.; Pollard, W. T.; Banks, J. L.Glide:一种快速、准确对接和得分的新方法. 2. 数据库筛选中的富集因子,” J. 地中海. 化学., 2004, 47, 1750–1759
  • Friesner R. A.; Banks, J. L.; 墨菲,R. B.; Halgren T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shaw, D. E.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Francis, P.; Shenkin, P. S.Glide:一种快速、准确对接和得分的新方法. 1. 对接精度的方法与评价 J. 地中海. 化学., 2004, 47, 1739–1749

薛定谔释放2022 - 1: Glide, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约州,2021年.

 


 

 

诱导契合

薛定谔释放2022 - 1: 诱导契合 Docking protocol; Glide, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021; Prime, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021.

 


 

 

Jaguar

  • Bochevarov,.D.; 困难,E.; Hughes, T.F.; 格林伍德,J.R.; Braden, D.A.; 菲利普·D.M.; Rinaldo, D.; Halls, M.D.; Zhang, J.; Friesner R.A., Jaguar:高性能量子化学软件项目,在生命和材料科学方面具有优势," Int. J. 量子化学., 2013, 113(18), 2110-2142

薛定谔释放2022 - 1:Jaguar,薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

JaguarpKa

薛定谔释放2022 - 1: JaguarpKa, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

LigPrep

薛定谔释放2022 - 1: LigPrep, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

MacroModel

薛定谔释放2022 - 1: MacroModel, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

Maestro

薛定谔释放2022 - 1: Maestro, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

结合女士

薛定谔释放2022 - 1: 结合女士, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.

 


 

 

Jaguar女士

薛定谔释放2022 - 1:Jaguar女士,薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.

 


 

Phase

薛定谔释放2022 - 1: Phase, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

PIPER

  • 壮族,G-Y.; Kozakov D.; Brenke, R.; Comeau, S.R.; Vajda, S.蛋白质-蛋白质对接的DARS(诱饵作为参考状态)潜力 Biophys. J., 2008, 95, 4217-4227
  • Kozakov D.; Brenke, R.; Comeau, S.R.; Vajda, S.,“PIPER:一种基于fft的蛋白质对接程序,具有配对潜力,” 蛋白质, 2006, 65, 392-406
    1. http://structure.bu.edu/content/protein-protein-docking
    2. http://rosettadesigngroup.com/blog/535/capri-state-of-protein-protein-docking/
    3. http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/
  1. Fernandez-Recio J .; Sternberg, M.J.E., 第四次预测相互作用关键评估会议(CAPRI)在地中海举行, 巴塞罗那”, 《蛋白质:结构、功能与生物信息学, 2010, 78, 3065-3066. (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.22801/abstract)

 


 

 

Prime

薛定谔释放2022 - 1: Prime, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约州,2021年.

 


 

 

PrimeX

薛定谔释放2022 - 1: PrimeX, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约州,2021年.

 


 

 

蛋白质制备向导

薛定谔释放2022 - 1: 蛋白质制备向导; Epik,  薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021; Impact, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY; Prime, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021.

 


 

 

PyMOL

有关引用PyMOL的说明,请访问 www.pymol.org/citing.

 


 

 

QikProp

薛定谔释放2022 - 1: QikProp, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

QM-Polarized配体对接

薛定谔释放2022 - 1: QM-Polarized配体对接 protocol; Glide, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021; Jaguar, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021; QSite, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021.

 


 

 

QSite

薛定谔释放2022 - 1: QSite, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.

 


 

 

半经验的NDDO

薛定谔释放2022 - 1: 半经验的NDDO protocol; Jaguar, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021; MOPAC, 薛定谔, 有限责任公司, 纽约, NY, 2021.

 


 

 

形状筛选

薛定谔释放2022 - 1: Phase, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021年.

 


 

 

网站地Graph

薛定谔释放2022 - 1: 网站地Graph, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.

 


 

 

WaterMap

薛定谔释放2022 - 1: WaterMap, 薛定谔, 有限责任公司,纽约,纽约,2021.


 

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